As estruturas organizativas do MEM contemplam o formalismo jurídico mas assentam numa forma de organização própria e adequada à vida em democracia, de acordo com os seguintes princípios de estruturação de ação educativa:
- os meios pedagógicos veiculam, em si, os fins democráticos da educação;
- a atividade escolar desenvolve-se no âmbito de um contrato social e educativo;
- a prática democrática da organização partilhada por todos institui-se em Conselho de Cooperação Educativa;
- os processos de trabalho escolar reproduzem os processos sociais autênticos;
- a informação partilha-se através de circuitos sistemáticos de comunicação;
- as práticas escolares hão-de dar sentido social imediato às aprendizagens dos alunos;
- os alunos intervêm ou interpelam o meio social e integram na aula “atores” comunitários como fonte de conhecimento nos seus projetos;
O MEM organiza-se em Núcleos Regionais onde os sócios reúnem para partilhar e refletir sobre as suas práticas e para produzirem saberes e materiais de apoio didático-pedagógico, integrados nos seus projetos de autoformação cooperada que realizam em Grupos de Trabalho Cooperativo.
Cada região dispõe de uma Comissão Coordenadora do Núcleo Regional, com funções de gestão e de coordenação das tarefas a realizar, de dinamização e regulação das atividades e dos processos de formação e de animação pedagógica.
Mensalmente, os representantes das Comissões Coordenadoras, os representantes das Comissões permanentes especializadas (nacionais) e a Direção da Associação reúnem em Conselho de Coordenação Pedagógica (CCP). Este órgão, de âmbito nacional, presidido pela Direção, analisa e discute os assuntos da vida do MEM e delibera, de forma colegial, sobre as orientações práticas e de formação e educação.